Durante una CPRE, el gastroenterólogo usa un endoscopio, un tubo largo, delgado y flexible con una luz y una cámara al final, a través del esófago, el estómago y la primera parte del intestino delgado, llamada duodeno. Una vez que el endoscopio llega a la papila, que es la abertura del conducto biliar común, el médico inyecta tinte a través de estos conductos, lo que permite tomar radiografías. Un médico puede recomendar una CPRE si el paciente experimenta dolor abdominal o desarrolla ictericia.
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